日に控えた「東日本ロードレース選手権」に出場するため最終調整を行う猛と滝。 調整は上々で2人とも優勝を狙えるタイムを叩き出す。 だが彼らには今大会最大のライバル「勝丸功」という存在がいる。 優勝してアメリカ行のキップを手に入れ、弟の足を完治させたい功は死に物狂いで勝ちにくることだろう。 一方その頃ショッカーはアフリカ支部から派遣される新怪人「サイギャング」の到着を待っていた。 サイギャングは道路を警備員の制止を無視してバイクで200キロものスピードで走り抜ける。 アジトに到着したサイギャングは早速、死神博士から任務を与えられる。

夜道を歩く男女カップルは草むらで不気味な物音を聞く。 草むらを凝視していると闇夜から黒光りするものが揺らめく。 揺らめく物体が立ち上がるとそこには全身針に覆われた怪人「ハリネズラス」が現れる。 男性、女性とハリネズラスの「殺人針」で身体が溶けて白骨死体と化してしまう。 そして女性の悲鳴を聞いて駆け付けた警官2名もハリネズラスの餌食となってしまう。

房総沖50海里に潜水艦の浮上を確認した自衛隊戦闘機のパイロット「JW-20」。 国籍不明のため不審に思い本部に報告するJW-20。 次の瞬間、潜水艦は戦闘機目がけて砲弾を放ち撃墜されてしまう。 国籍不明の潜水艦の正体は死神博士率いるショッカー軍団。 彼らは地獄大使がアジトを構える「行川アイランド」の地下に向けて潜航する。

ショッカーはレントゲンをさらに強化した「殺人レントゲン」を目に取りつけた怪人「フクロウ男」を生み出していた。 その威力を試す為、フクロウ男はアジトを飛び出した。 テニス帰りの男女、テニスコーチ「田代」とその生徒である「野沢桃子」、「松山トリ子」がフクロウの鳴き声を聴く。昼間なのに奇妙だ… その後、田代と女子2人はそれぞれ別れたあと、田代がフクロウ男に襲われ殺人レントゲンを受けてしまう。 田代の叫び声に気づき2人が駆け付けた頃には田代は白骨化してしまっていた。

柿沼で2人の男性が釣りを楽しんでいると竿が大物を捉えたように大きく揺れる。 期待を大にして獲物を引き上げるもそれは巨大なミミズの化物、怪人「ミミズ男」だった。 ミミズ男は2人を「殺人リング」なるもので絞死させる。 どうやら柿沼の下はショッカーアジトだったようだ。 ショッカーアジトでは「放射能作戦」なるものの計画が進行していた。

深夜「大田黒研究所」では正に今、神に逆らうような発明が完成しようとしていた。 その発明品の名は「Xアルファー液」。 この液体は死体を生き返らせることのできるとんでもない液体だ。 科学の力で自然の摂理すら揺るがしかねない発明だ。 そんな神の領域に及ぶものをショッカーが見逃すはずがない。

深夜、研究に勤しむ本郷猛と研究所の同僚「沢田行彦」。 沢田は「全ての金属を溶かして燃やしてしまう液体火薬」開発の大詰めを迎えていた。 その忙しさのあまり弟の「沢田ミノル」にもなかなか会えないほど。 ショッカーの悪事を知る猛は沢田の研究が利用されると感じ忠告する。 だが沢田は産業の発達に役に立つと信念を持って研究している。

深夜、「片山俊作」その息子「片山コウイチ」親子2人が乗った車が急に動かなくなる。 立ち往生する2人の目の前を謎の飛行物が通る。 目を凝らすとその飛行物は化け物の姿をしていた！ 2人は車を飛び出し近くの洋館へと非難する。 洋館には誰もいないのにロウソクに灯がともっている。 不気味な雰囲気の中、部屋のドアが独りでに閉まる。 おそるおそるドアを開けるとそこには恐ろしい顔をした女性が立っていた。

深夜、ボーリング場の従業員が機械の整備をしているとボーリングのピンが倒れる音がする。 不審に思った従業員は恐る恐る音のする方へ近づくとショッカー戦闘員が現れる。 抵抗する従業員だが戦闘員に白い粉をかけられるとたちまち老化してしまう。

東京ー大阪間の道中、トラック運転手2人が次々と奇妙な出来事に見舞われる。 ラジオの異音、そして助けを求める「奥山村」の駐在員の言動。 駐在員は信じられないくらい恐ろしい事件に遭遇してとにかく電話連絡ができる場所に行きたいと言う。 そして3人はトンネルの向こうにある電話の場所まで向かうがトンネルを抜けても抜けてもなぜかトンネルに入る前の同じ道に戻ってしまう。