前回、ムカデタイガーと相打ちになった仮面ライダー。 仮面ライダーを撃破した今を好機としたゲルショッカーは着々と戦力強化を推し進めていた。 2人の囚人を実験体として新怪人「ハエトリバチ」の性能テストが行なわれていた。 そこへ黄色いマフラーの仮面ライダーが現れ、ハエトリバチと一戦交える。 にせ仮面ライダーが寝返ったのかと思いきやこれもテストの一環であり、テスト終了後は両者ガッチリと握手を交わす。 ゲルショッカー首領は次なる標的として「アンチショッカー同盟」を指名。 そのアンチショッカー同盟が今まさにゲルショッカーのコンピュータから首領の正体がわかるデータを盗み出していた。 それを危機とした首領はデータの消去を命令。直ちにショッカーライダーが出動する…

最近、ライダー少年隊員から届いた合計8羽もの伝書バトの全てに通信文がついていないという奇妙な出来事が多発していた。 通信文を付けられない程の緊急事態があったことを想定してライダー少年隊はユリのリストを頼りに伝書バトの持ち主を調査することに。 このリスト1つ気になる点がある。それは伝書バトの持ち主8人が全員丹沢地区に住んでいるということだ。 調査には好都合だが違和感も抱えつつ丹沢地区に到着した猛と滝の前に突如ゲルショッカーが現れる。

前回カナリコブラの撃破に成功する仮面ライダー。 一方、新怪人「ネズコンドル」と戦っていた滝は空中高く投げ飛ばされてしまう。 仮面ライダーは空中を舞う滝に合わせてジャンプしてなんとかキャッチ。地面への直撃を回避。 協力して何とかネズコンドルを追い払うがそれは新たな事件への幕開けでもあった… ネズコンドルはペット作戦第2弾として東京中にペスト菌をばら撒き占拠するために作られた怪人だ。 恐怖のペット作戦はまだ終わっていなかった… すぐに東京中でペストの感染が多発しライダー少年隊にも被害報告が届く。

男女4人組が多摩川の川辺で戯れているとカナリアのさえずりが聞こえる。 グループの1人「山中」がカナリアを捕まえみんなで盛り上がる。 だがこのカナリアの鳴き声がおかしい…まるで機械音のような異常音に仲間たちは次々と頭痛を訴える。 戸惑う山中。そして山中の手の中にいたカナリアが突如噛みつく。 驚いた山中はカナリアを草むらに投げ捨てるとカナリアはたちまち化物へと変わり、右腕に宿るコブラが山中の首筋を襲う。 奴の名は怪人「カナリコブラ」。 カナリコブラは山中の仲間たちを次々と襲う。 警察が駆け付けた時にはすでに4人は死亡しており、捜査に訪れた滝がこの奇妙な事件を知ることになる。

深夜、画家の「田中輝夫」がアトリエで作業をしているとどこからともなく猫の怪物が現れ、襲われる。 奴は「ネコ」と「ヤモリ」の合成人間「ネコヤモリ」。 ネコヤモリに襲われた日以降、輝夫の様子に異変を感じた弟の「田中サトル」はライダー少年隊に相談。 ナオキとミツルが輝夫のアトリエの様子を監視していると輝夫は絵の具に自分の血を混ぜて不気味な猫の絵を描いていた。 この出来事を皮切りにゲルショッカーの企む「F作戦」の全貌が明らかになっていく。

深夜0時前、日本産業会会長「細谷勉」の家に手紙を投げ入れる謎の男がいた。 細谷は番犬が吠えるのを聞き窓の外の様子をうかがうが誰もいない。 ソファーに戻り晩酌を続けようとボトルを持つといつの間にか机の上に手紙が置かれていた。 内容は「われわれゲルショッカーは日本産業会会長細谷勉氏の死をつつしんでおくやみする　死亡日時十一月二十五日十二時」と死亡予告が記されている。 もうすぐ日付が変わり25日の0時になる。 細谷はいたずらだろうと自分に言い聞かせるが不気味に思い猟銃を構えてで0時を待つ。 そして0時…窓の外に死刑執行人が訪れる…

「大室山」の山頂を目指すライダー少年隊一行。 ライダー少年隊発足、そしてゲルショッカー誕生とここ最近忙しい隊員たちを労うための小旅行へ向かっている。 山頂で昼食を取り和やかな時間が流れる中、望遠鏡を覗く「桜井圭太」という少年が遠笠山（天城山）方面に黄色い板が人間の形に変わる奇妙な光景を目撃する。 その後、父「桜井大作」と共にバスで「天城東急ホテル」に向かうがその道すがら山火事により進路を塞がれてしまう。 乗客はバスから避難するがゲルショッカーの網により生け捕りにされてしまう。 それを見た大作は機転を利かして窓から抜け出し圭太とバスの下に隠れることで難を逃れる。

ある夜、警察に追われる1人の男がいた。 男は停車している車に乗り込み運転手に発進するよう強要するが当の運転手は息絶えていた。 このままでは警察に追いつかれてしまうと男が車を飛び出すとゲルショッカー戦闘員が待ち伏せており、捕まってしまう。 男はゲルショッカーで改造され怪人「ウツボガメス」となった。 ウツボガメスは人間をガイコツにしてしまう必殺技「殺人スモッグ」を持っており、その威力を囚人を使った実証実験を執り行う。 だが、殺人スモッグで囚人を殺すことはできなかった。 その原因は殺人スモッグの原料であるヘドロの「質」にあった。