大海原から1人の男が歩いてくる。 彼の名は「桂木良助」。 彼の頭の中には誰かが語りかけてくる…「殺せ…仮面ライダーを殺すのだ！」と。 良助は正気と狂気の境をさまよいながら苦しむ。 そして正気が狂気に変わる時、彼は「イソギンジャガー」となってしまう。 イソギンジャガーとなった彼に良心はなく、自身の姿を見た釣り人を溶解液で殺してしまう。 そしてイソギンジャガーは海岸を背に仮面ライダー抹殺へと向かう…

深夜、京葉刑務所で事件は起こる。 その日はある死刑囚が刑務官と神父が立会いの元、死刑が執行される日だった。 死刑囚の最後の言葉は人間への憎悪。 この憎悪の才能をゲルショッカーは見逃さず死刑執行前に侵入し誘拐。 ゲルショッカーにより改造人間に生まれ変わる… 時を同じくして「村山動物園」では園丁（飼育員）が脱走したイノシシに黄色い粉を吹きかけられ発狂する謎の事件が発生する。

秋の夜長、ゲルショッカー首領にその力を誇示するため怪人「クラゲウルフ」は「早坂発電所」に侵入する。 クラゲウルフが発電所の高圧電流を吸い上げたため瞬く間に発電所は停電する。 そのため係員2名が点検に訪れるがクラゲウルフのカミナリ攻撃で跡形もなく燃えてしまった。 だがその現場を1人の少年に目撃されてしまう。 ゲルショッカーはこのカミナリを早朝ラッシュ時の新宿駅に落とす作戦を企んでいた。 この作戦で通勤ラッシュ時およそ200万人集まる新宿駅の人々を皆殺しにし、大混乱を巻き起こそうとしているのだ。 恐怖のラッシュアワーの始まりだ…

仮面ライダーの敗北で絶望に打ちひしがれる少年仮面ライダー隊。 だが仮面ライダーがいなくともゲルショッカーと戦わなければならない。 立花会長と滝隊長は隊員を鼓舞し再起を図る。 そこへブラック将軍から葬式の花輪が届く。 その花輪には仮面ライダーへのお悔やみと時限爆弾が仕掛けられていた。 滝が急いで爆弾を外に退避させるが爆発の巻き添えとなる。 仮面ライダーの死をあざ笑い、あまつさえ残党に時限爆弾付きの花輪を送りつけるゲルショッカー。 こんな恐ろしい組織に仮面ライダー抜きで戦うことができるのだろうか？

ある晴れた日。川の近くでキャンプを楽しむ女子4人組がいた。 2人は森へ蒔き拾いに2人は川へ米の洗濯に行きました。 すると川の向こうから泡がたちこめドンブラコドンブラコとショッカー戦闘員が流れてきました。 戦闘員は東京の仮面ライダー本部に行くための助けを求めている。 だがその背後には怪人「ガニコウモル」が迫り戦闘員を川へ引きずり込み八つ裂きにしてしまう。 キャンプ場に引き返した2人はそこで蒔き拾いに行っていた「すみこ」と「ミッチ」が気を失っているのを発見する。 2人は呼びかけに応じ目覚めると森の茂みを指さす。 そこはおびただしいまでの戦闘員の死体で埋め尽くされており、4人はまたもショックで気絶してしまう。 そこへ悲鳴を聞いて駆け付けたライダー少年隊員が4人とショッカーの遺体を発見。 本部に連絡することで事件が発覚する。

深夜、貯水庫の水を放出させるため怪人「ガラガランダ」がコントロール室を襲う。 しかし、貯水庫を放出してしまうと下流にある「星野町」が浸水してしまうため断固拒否する職員。 だが貯水庫開放には浸水以外にも恐ろしい目的があった。 ガラガランダは貯水庫の水をガラガラヘビの猛毒で満たしており、その水を放出することでその水道を使用している200万人もの人々を毒殺してしまおうと企んでいた。 だがそこへ仮面ライダーが現れて事態は好転。 なぜ仮面ライダーに作戦を嗅ぎ付けられた！？と驚くガラガランダ。 どうやらあるショッカーメンバーから「毒水道作戦」のリークがあったようだ。

深夜、爆発音を聞いた「池田邦夫」が外を見ると村外れの墓地の方にパラシュートが落ちていくのを目撃する。 気になった邦夫は墓地に向かうと光る箱が落ちていた。 不思議な箱を見つめていると、黒い覆面の男達が箱を回収し、墓の下に埋めて去っていった。 墓は塔婆とおばをレバーに横にスライドし、その下には空洞があるため、そこに光る箱を収納している。 邦夫が箱の中身を確認するとそこには不自然な脈動を打つウニが入っていた。

「伊香保」に住むライダー少年隊員「透」。 隊員になってから全然遊んでくれないとすねる牧場娘「三上ひとみ」に透は諭す。 ここ最近、伊香保の人々が次々と行方不明になる事件が相次いでいた。 それをショッカーの仕業だと透は睨んでおり、原因を探っているのだ。 早朝、また一組の夫婦が襲われ女性は死亡、男性は誘拐されてしまう。 それをパトロール中に目撃した透はハトに報告文を付け本部に飛ばす。