マシンガンスネークを撃破した仮面ライダーV3。 だが西崎シゲルを守るために堀川守はマシンガンスネークの銃弾を受け重傷を負う。 急いで病院に運ぼうとした矢先に地震が起こる。 地震を起こしたのは怪人「ハンマークラゲ」。 安堵した矢先に怪人との連戦を強いられるV3。 だが守の治療を最優先とするためハンマークラゲの隙をみて撤退する。 村山博士が死んだ今、エネルギー理論を知るのは道子のみとなる。 デストロンは道子から理論を聞き出すために息子のツトムを誘拐しようと企み始める…

日本理論物理学の最高権威であり「村山物理学研究所」所長の「村山博士」は原子力に代わる新しいエネルギーの理論を完成しつつあった。 まだ基礎段階だがこの理論が完成すれば原子力に代わる安全なエネルギーが誕生するという。 その基礎理論を助手の「西崎道子」に清書してもらうよう頼む。 道子は今日、息子である「西崎ツトム」の誕生日。 博士に許可をもらい先に終業する。 道子が去った後、博士の部屋に突然蛇が現れる。 そしてどこからともなくエネルギー理論の書類を要求する声が… 声の正体はデストロンの怪人「マシンガンスネーク」。 そう…デストロンは村山博士の画期的な理論を奪いに研究所を襲撃してきたのだ！

イカファイアに破れた仮面ライダーV3こと風見志郎。 志郎は木棺に入れられ火葬炉の中でイカファイアの火炎放射器から放たれる3000度もの高温で焼き尽くされようとしていた。 そして数分の後、志郎は骨も残らず焼き尽くされてしまった… 「デストロンの勝利だー！」とイカファイアが勝どきを上げる。 だがそれに横槍を入れるように外から笑い声が響く… イカファイア部隊は一斉に外に駆け出し声の主を探す。 そしてなんと声の主は火葬場の高煙突に立っているV3だった。 確かに志郎は木棺の中で絶体絶命のピンチだったはずだ。 しかし燃える炎が火風となりダブルタイフーンが回転しV3に変身、そして火葬炉から煙突を通って脱出に成功していたのだ！ さあ！ここから反撃開始だ！

深夜「第一綜合病院」に急患が運び込まれる。 緊急手術に臨む「関三郎院長」は深夜に招集された助手たちを労いながら手術台のシーツを外し患者を診る。 だが手術台の患者はなんと「テレビ」だった！ 「ここはテレビの修理屋じゃないぞ…」と呆れる院長に助手たちは不敵な笑みを浮かべる。 なんと今回の手術対象はテレビでもなく院長だったのだ！ 助手に促され手術台のテレビを見つめると催眠光線が放たれ院長は気絶。 そのテレビと院長は合成され怪人「テレビバエ」へと生まれ変わる（ここで初めてテレビバエが誕生したのに最初に急患のブザーを鳴らしたのはテレビバエの手だったのはなぜ？）。 院長も含めて病院のスタッフが全員デストロン構成員になった今、この病院も「デストロン付属病院」へと生まれ変わる。 そして病院に訪れた患者を次々と催眠光線で洗脳していくという恐ろしい作戦が開始された。

ダブルライダーによる改造手術が成功して誕生した仮面ライダーV3。 V3が駆けつけたことでカメバズーカとの戦闘に集中できるようになったダブルライダーはV3にライダー少年隊本部の防衛を託す。 そしてV3は怪人「カメバズーカ」のバズーカ砲の衝撃で崩落寸前の本部を守るため専用マシン「ハリケーン」に乗り本部へ急ぐ。 本部は地震の衝撃により地面に沈み藤兵衛は本部ごと地中に閉じ込められてしまう。 そこへ怪人「ハサミジャガー」が地中に沈んだ本部を襲撃。 藤兵衛に止めを刺そうとにじり寄るがV3が駆けつけ窮地を脱する。

仮面ライダーの活躍でゲルショッカーは全滅。 世界は平和を取り戻し穏やかな時を刻んでいた。 だが悪の温床が消えたわけじゃない。今日も世界のどこかで悪は息をひそめている… ある夜、バイクを走らせていた青年が工事作業員が倒れているのを発見する。 だが安否確認のため作業員を抱きかかえると肉体はみるみるうちに溶けていきその場には服だけが残るという奇怪な現象が発生する。 これは一体…混乱と恐怖が渦巻く中、突如何者かの車が青年を襲う。 なんとか危険を回避するが次の日になってもあの奇怪な事件が脳裏にこびりついて離れない。 そんな冴えない様子の兄を見て妹は後ろから驚かせる。 驚いた青年は朝食のコーヒーをカップごと床に落としてしまう。 だが次の瞬間、コーヒーと思われた液体はガソリンに火が付いたかのように燃え上がる。 青年の名前は「風見志郎」。 志郎はその奇怪な出来事、そしてコーヒーに入った成分を調べてもらうため城北大学生化学研究室の先輩「本郷猛」のもとを訪ねる。